Leziunile profunde, subperitoneale(cu infiltrare mai mare de 5 mm) sunt leziuni fibroase, dure, în care țesutul endometrial hormonodependent este relativ slab reprezentat (15-20% din volumul nodulului de endometrioză).
Aceste leziuni tind să se infiltreze în organele care le înconjoară, cu un comportament agresiv asemănător tumorilor, ceea ce duce la apariția unor forme severe și a căror excizie este din ce în ce mai dificilă.
Datorită compoziției lor fibroase și, în cele din urmă, puțin hormonodependentă, dimensiunea nodulilor de endometrioză profundă este slab influențată de amenoree, care permite doar stabilizarea bolii, dar niciodată dispariția acestor noduli.
Acest lucru explică faptul că acești noduli pot fi identificați la femeile aflate în postmenopauză, unde pot continua să fie simptomatici în ciuda amenoreei definitive.