טיפול רפואי באדנומיוזיס שואף לשלוט בתסמינים, ולא במחלה במובן האנטומי. עקרון הטיפול, כמו באנדומטריוזיס, הוא חסימת ביוץ ודיכוי הווסת, מה שמאפשר ניוון רירית הרחם והפחתה או היעלמות של מיקרודימומים. עם זאת, תוצאות הטיפול הרפואי הן מגוונות מאוד, כאשר הדימום והכאב נמשכים למרות טיפול שנערך היטב.
טיפול כירורגי הוא שמרני (שימור הרחם) או רדיקלי (הסרת הרחם או כריתת רחם). טכניקות שמרניות מכוונות להשמיד אזורים של אדנומיוזיס בצורה הממוקדת ביותר האפשרית, על מנת להפחית את התסמינים.
בצורות מפושטות של אדנומיוזיס, טכניקות מסוימות להרס רירית הרחם יכולות להרוס מיקרוציסטות הממוקמות במיאומטריום כשהן שטחיות. עם זאת, טכניקה זו אינה מומלצת לנשים שעדיין רוצות להיכנס להריון מכיוון שהיא גם הורסת את רירית הרחם הבריאה. יתר על כן, היא יכולה גם להשאיר מוקדים עמוקים יותר במקומם, ולגרום להישנות של התסמינים בטווח הקצר או הבינוני.
בצורות של אדנומיוזיס מוקדית, ניתן לשקול כריתה של המוקד, תוך שימור הרחם, באמצעות טכניקה דומה לזו המשמשת עבור שרירנים. טכניקת אוסאדה היא אחת מהטכניקות הללו, אך היא מבוצעת בדרך כלל על ידי פתיחת הבטן (לפרוטומיה). כריתה לרוב אינה שלמה אך מאפשרת שיפור בתסמינים ומאפשרת השגת הריון אצל נשים המעוניינות בכך.
הניתוח היעיל ביותר לאדנומיוזיס נותר כריתת רחם , עם היעלמות הדימומים ושיפור משמעותי בכאב. הוא כמובן שמור למטופלות שאינן רוצות עוד להיכנס להריון, ולאחר כישלון טיפולים תרופתיים.
אצל נשים המעוניינות להיכנס להריון, ניתוח לרוב מטפל רק באנדומטריוזיס , בעוד שהאדנומיוזיס נשארת במקומה. מצב זה יכול להוביל לדיסמנוריאה מתמשכת, דיספראוניה עמוקה או כאבים בין-וסתיים. ניתן לבצע כריתת רחם בשלב מאוחר יותר, לאחר השגת ההריון/ים, עם שיפור משמעותי בכאב ובאיכות החיים.